Chùa do nhân dân quanh vùng lập vào thế kỷ 15, thời Lê sơ[2]. Lúc ấy, chùa có tên là Hương Lâm, nhưng vì ở cạnh Đoàn Thành, nên người dân quen gọi là chùa Thành.

Năm 1796, dưới triều vua Cảnh Thịnh, chùa được chuyển về vị trí hiện nay (cách vị trí cũ khoảng 200 mét), tức ở khu vực Bến đá Kỳ Cùng [3], bên bờ nam sông Kỳ Cùng và cạnh bến đò Thạch Độ (chỗ cầu Kỳ Cùng bây giờ) và lấy tên là Diên Khánh Tự (Diên Khánh có nghĩa là tích thiện để có nhiều phúc cho đời sau). Năm 1846, dưới triều vua Thiệu Trị, chùa đổi tên là Tuần Khánh Tự. Về sau, chùa đổi lại tên cũ là Diên Khánh Tự cho đến ngày nay[4].